Albrecht was niet de eerste keuze van koning Filips II voor het huwelijk met zijn dochter Isabella. Albrecht was een volle neef van Isabella en omdat hij kardinaal was moest er pauselijke toestemming voor het huwelijk komen. Maar aangezien er geen andere acceptabele huwelijkskandidaten waren, koos Filips II voor Albrecht. Het echtpaar kreeg van Filips II de

Albrecht en Isabella door P.P. Rubens

Nederlanden cadeau: in de praktijk alleen de Zuidelijke Nederlanden aangezien de Noordelijke Nederlanden de Spaanse vorst sinds 1581 niet meer erkenden. Door het overlijden van Filips II in 1598 werd het huwelijk een jaar uitgesteld tot 1599.

Er waren wel strenge voorwaarden aan het huwelijk verbonden: zo zouden de Nederlanden weer onder een Spaanse vorst komen als het echtpaar kinderloos zou overlijden, mochten eventuele kinderen alleen met toestemming van de Spaanse koning trouwen en moesten de eventuele dochters met Spaanse prinsen trouwen.

Albrecht en Isabella werden enthousiast ontvangen door de zuidelijke bevolking. Ze namen hun intrek in Brussel. Albrecht was als legeraanvoerder aanvankelijk geen succes: zijn eerste slag (de Slag bij Nieuwpoort) ging verloren; zelf raakte hij in die slag gewond aan zijn keel. Koning Filips III stuurde daarop de ervaren minister Ambrogio Spinola, die de opstandelingen enkele gevoelige nederlagen toebracht (waaronder de verovering van Oostende in 1604).

In 1609 slaagde Albrecht erin een bestand te sluiten met de opstandelingen in het Noorden. Dit bestand zou twaalf jaar standhouden (zie Twaalfjarig Bestand). Deze twaalf jaren waren voor Albrecht en Isabella gelukkige jaren: ze verbleven veel op hun buitenverblijven Tervuren en Mariemont. Vooral Isabella was populair onder de bevolking: de wat verlegen en soms in de omgang wat stijve Albrecht minder.