Het Hoendiep liep oorspronkelijk van de Groninger Westerhaven naar De Poffert. Vandaar voer men via de Gave (nu grotendeels verdwenen) naar het Lettelberterdiep. Van daar vervolgde men dit diep tot Briltil en vervolgde vanaf daar het Niekersterdiep en het in 1572 tot 1576 in opdracht van de Spaanse stadhouder Caspar de Robles gegraven kanaal, het Kolonel Roblesdiep, naar het Bergumermeer.

In 1616 werd het Hoendiep van de Poffert verlengd naar het Lettelberterdiep (het huidige tracé De Poffert - Enumatil). De Gave bij Oostwold verloor zijn betekenis en verzandde.

In 1654 tot 1657 werd het Hoendiep van de Bril verlengd naar het noorden tot Noordhornertolhek. Vandaar ging men westwaarts, het huidige tracé van het Van Starkenborghkanaal, tot het weer aansloot aan het Kolonel Roblesdiep.

In 1863 is een verbinding gegraven met het Hoornsediep en werd de Westerhavensluis aangelegd. Dit kanaal staat bekend als het Eendrachtskanaal. Later zijn de Westerhaven en het gedeelte van het diep tussen de haven en het Eendrachtskanaal gedempt. De straat naam is nog steeds Hoendiep.

De naam Hoendiep is afkomstig van het logement Het Hoen even ten westen van Groningen.

Het diep is 15 km lang.