Geboren in de provincie Groningen groeide hij op in de Kennemerduinen waar hij, met een buitengewone aanleg voor sport de basis legde voor zijn latere sportcarrière.

Op 15-jarige leeftijd won hij zijn eerste schaatswedstrijd. Twee jaar later debuteerde hij op internationaal niveau en in 1892 behaalde hij op 18-jarige leeftijd zijn eerste wereldtitel.

Een jaar daarop brak hij in Stockholm twee wereldrecords, waarvan dat op de 5 km zo'n twintig jaar zou blijven staan. In 1895 (Hamar) en 1896 (Sint Petersburg) behaalde hij nogmaals de wereldtitel.

Hierna stapte hij over op de wielrensport, niet in de laatste plaats omdat hij hier goed geld mee kon verdienen. Hij werd geliefd bij het publiek, zowel door zijn prestaties als door zijn manier van optreden.

Helaas steeg het succes hem naar het hoofd en gaf hij zich steeds meer over aan de geneugten van het leven. Vooral in Parijs, in het hart van de wielersport, leidde hij een stormachtig leven. Hij verdiende zoveel - men zegt dat hij jaarlijks meer dan 40.000 gulden verdiende, een fortuin in die tijd - dat hij een Amerikaans aanbod van 15.000 gulden voor een paar wedstrijdjes kon laten schieten.

In 1915 hing Eden zijn fiets aan de wilgen, nadat hij de laatste jaren steeds minder successen boekte.

Hij probeerde een baantje te vinden maar was daarin niet erg doortastend. Trofeeën en medailles werden verkwanseld en hij probeerde met een paar vrienden een rijwilezaak in Rotterdam op te zetten, met weinig succes.

Jaap Eden stierf in Amsterdam op 51-jarige leeftijd als een berooid en eenzaam man.