Unie van Atrecht en Unie van Utrecht
Het doel van de Pacificatie van Gent was het verenigen van de Nederlanden. Al vrij snel echter begonnen de meningsverschillen op te spelen. Behalve de godsdienstige conflicten, speelde ook mee dat iedere provincie vooral voor zijn eigen belangen opkwam. Zo werd de toegangsweg naar de Antwerpse haven door Zeeland en Holland geblokkeerd: alleen tegen betaling werden schepen doorgelaten. De zuidelijke provincien Artesië en Henegouwen sloten op 6 januari 1579 de Unie van Atrecht, waarin deze provincien zich weer onder het gezag het Spaanse koning schaarden. In de Unie van Atrecht werd wel afgesproken dat de buitenlandse troepen zich terug dienden te trekken.
Op 23 januari 1579 tekenden de noordelijke provincies Gelderland, Holland, Zeeland, Utrecht en Friesland als reactie hierop een eigen verdrag, de Unie van Utrecht. Ook veel steden in Brabant en Vlaanderen sloten zich bij de Unie van Utrecht aan. Enkele maanden later sloot ook Overijssel zich aan. Willem van Oranje was aanvankelijk tegen de Unie van Utrecht, omdat hij nog altijd geloofde in een verenigd Nederland. Op 3 mei 1579 ondertekende hij echter een steunverklaring. De Unie van Utrecht wordt gezien als de oprichting van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden, die overigens pas na de Vrede van Münster op 15 mei 1648 internationaal werd erkend.
Vredesoverleg in Keulen
Op uitnodiging van keizer Rudolf II begonnen in mei 1579 vredesonderhandelingen in Keulen. Don Juan was inmiddels overleden aan de tyfus: de hertog van Parma was als zijn opvolger aangewezen. De Spanjaarden eisten dat de protestanten zich terugtrokken uit de Nederlanden en dat de politieke situatie van voor 1559 weer werd hersteld. De Spanjaarden verwachtten niet dat de opstandelingen hierop in zouden gaan, maar gehoopt werd dat de situatie op het slagveld hen zou dwingen. De hertog van Parma veroverde intussen in juni 1579 de stad Maastricht, een gevoelige nederlaag voor Willem van Oranje. De stadhouder van Groningen, Friesland en Drenthe (de graaf van Rennenberg) sloot zich in 1580 weer aan bij de Spanjaarden). Hiermee gingen belangrijke steden als Coevorden, Groningen en Oldenzaal verloren voor de opstandelingen. Alleen in Friesland konden de opstandelingen hun posities behouden. Toen Rennenberg in 1581 overleed, werd hij vervangen door de Spanjaard Francisco Verdugo.
Gesteund door deze militaire successen besloot Filips II zich te richten op de oorlog tegen Portugal. Hij liet Willem van Oranje op 15 juni 1580 vogelvrij verklaren: hiermee raakte Willem van Oranje definitief vervreemd van de Spaanse troon.
Door het uitblijven van steun van Spanje en doordat de hertog van Parma de buitenlandse troepen terugtrok zoals afgesproken, stokte zijn militaire campagne. In twee jaar tijd werd alleen Doornik veroverd, op 29 november 1581.
Hertog van Anjou en Acte van Verlatinghe
Willem van Oranje zocht al in 1573 een buitenlandse partner. Engeland, met als staatshoofd de protestante Elizabeth I leek voor de hand te liggen. Maar Elizabeth aarzelde om zich in een oorlog met Spanje te storten en de onderhandelaars van de opstand keerden met lege handen terug.
In 1580 hadden de opstandelingen meer succes: de hertog van Anjou, broer van de Franse koning, zou met 10.000 man de opstand steunen. De hertog van Anjou eiste wel dat de Noordelijke Provincien definitief de Spaanse koning zouden afzweren, en op 22 juli (volgens andere bronnen 26 juli) 1581 werd Acte van Verlatinghe aangenomen. Op 10 februari 1582 kwam de hertog van Anjou aan in Vlissingen en op 19 februari werd hij ingehuldigd als hertog van Brabant. De hertog van Anjou was niet populair onder de bevolking. Toen in 1582 een (mislukte) moordaanslag op Willem van Oranje werd gepleegd, dachten veel mensen dan ook dat de hertog van Anjou hierachter zat.
Op 4 juli werd de stad Oudenaarde veroverd door de hertog van Parma. Pas toen in de herfst van 1582 de 10.000 man versterking kwam (voornamelijk Zwitserse huurlingen) keerden de kansen in de strijd. Uit frustatie over zijn ondergeschikte positie ten opzichte van Willem van Oranje, besloot de hertog van Anjou tot een aanval op Antwerpen en andere Vlaamse steden, om daar zijn gezag te herstellen. De poging mislukte en de Franse politiek van Willem van Oranje had hiermee definitief afgedaan. Ondanks een verzoeningspoging verliet de hertog van Anjou in juni 1583 de Nederlanden.
De hertog van Parma had door deze ontwikkelen vrijwel vrij spel, en hij veroverde in hoog tempo steden aan de Vlaamse kust. De grote Vlaamse steden Brugge, Gent en Ieper werden ingesloten en veroverd en in september 1583 viel Zutphen.
Engelse steun
Op 10 juni overleed de hertog van Anjou. Voor de Staten-Generaal en Willem van Oranje was dit een reden om opnieuw met Frankrijk te onderhandelen over steun in de strijd. Frankrijk weigerde echter en de moord op Willem van Oranje op 10 juli maakte definitief een einde aan de gesprekken.
Die maanden leek het einde van de opstand nabij. De steden Brussel en Antwerpen kwamen weer onder gezag van de Spaanse koning. De Engelse koningin Elizabeth volgde de ontwikkelingen in de Nederlanden met zorg. In het geheim stuurde ze de graaf van Leicester met een troepenmacht van 8.000 man naar de Nederlanden om de opstandelingen bij te staan in de strijd. In 1585 werd Willem van Oranjes tweede zoon, prins Maurits, op 18-jarige leeftijd benoemd tot stadhouder van Holland en Zeeland. Samen met Johan van Oldenbarnevelt regelde hij de interne zaken binnen de Unie: de graaf van Leicester zou de leiding krijgen over de militaire operaties. De komst van Leicester was echter geen succes: door verraad van Engelse officieren ging Deventer verloren. Ook viel de stad Sluis in Spaanse handen. Bovendien bleek Leicester in het geheim op een vrede met Spanje aan te sturen. In 1587 werd Leicester gedwongen te vertrekken.
Maurits en Van Oldenbarnevelt besloten na de debacles met de Franse en Engelse hulp, zelf de leiding te nemen. In de Justificatie of Deductie werd bepaald dat de politieke macht bij de Staten-Generaal zou komen te liggen.
Als wraak voor de Engelse inmenging in de strijd, besloot Filips II met een oorlogsvloot de Engelsen een les te leren om daarna definitief met de opstandelingen in de Nederlanden af te rekenen. Hoewel Spanje geen reputatie had als vlootnatie en de admiraal, de hertog van Medina Sidonia, geen ervaring had, werd de vloot als onoverwinnelijk beschouw. De oorlogsvloot, armada invencible (onoverwinnelijke vloot) of kortweg Armada genaamd, was 130 schepen en 30.000 man (waarvan 20.000 soldaten) groot. De armada liep echter op een drama uit voor de Spanjaarden: de Spaanse schepen waren geen partij voor de kleinere en wendbaardere Engelse schepen. Met hulp van de Nederlanders, die belangrijke havens van de Spanjaarden blokkeerden zodat de schepen zich niet terug konden trekken, werd in juli 1588 een groot deel van de armada in het Kanaal vernietigd. In paniek besloten de overgebleven schepen via Schotland en Ierland terug naar Spanje te varen, maar door stormen en stromingen werd nogmaals een groot aantal schepen vernietigd. Meer dan de helft van de vloot keerde niet terug in Spanje. De hertog van Parma kreeg de schuld van deze nederlaag.
Nieuwe kansen
Vrij plotseling keerden de kansen voor de opstandelingen. De hertog van Parma kreeg van Filips II opdracht naar Parijs op te rukken, toen daar een godsdienstconflict uitbrak. Filips II wilde voorkomen dat Parijs in handen van de protestanten zou vallen. Op 19 september 1590 trok de hertog van Parma Parijs binnen.
Deze ontwikkeling gaf prins Maurits, die inmiddels ook stadhouder van Utrecht, Gelderland en Overijssel was geworden, de mogelijk het leger te reorganiseren. Zijn neef Willem Lodewijk was stadhouder van Friesland geworden, en samen slaagden ze erin een goed leger op de been te krijgen.
De jonge republiek boekte hierop meer en meer militaire successen. In 1591 werd Breda veroverd door troepen via een turfschip de stad binnen te smokkelen (zie turfschip van Breda). In 1592 werden Coevorden en Steenwijk heroverd, in 1593 Geertruidenberg en in 1594 Groningen.
Inmiddels was de hertog van Parma overleden (6 december 1592). In het katholieke zuiden volgde daarop een periode met niet minder dan 40 muiterijen. Omdat Filips II ook zijn eigen einde voelde naderen, liet hij zijn dochter Isabella trouwen met haar neef Albertus van Oostenrijk om samen over de Nederlanden te regeren. In 1598 werd door Spanje een poging ondernomen om de provincien te verenigingen, maar de Noordelijke Provincien kwamen niet opdagen bij de Staten vergadering in Brussel.
Slag bij Nieuwpoort
In juni 1600 besloten de Staten dat de stad Duinkerken (dat bij de Zuidelijke Nederlanden hoorde) moest worden ingenomen, omdat het een uitvalsbasis van piraten was, die de Nederlandse handelsvloot bedreigden. Prins Maurits was, evenals Willem Lodewijk, fel tegen deze aanval, maar hij ging toch omdat het hem bevolen was. Onverwacht ontmoette het leger van de prins een Spaans leger op het strand bij Nieuwpoort. De daarop volgende Slag bij Nieuwpoort werd gewonnen door de prins, maar het leger was dermate verzwakt dat Maurits direct terugkeerde naar Nederland.
De Spaanse legers werden inmiddels aangevoerd door Ambrogio Spinola, een kundig veldheer. Allereerst probeerde hij Oostende te veroveren. Het beleg van Oostende duurde van 1601 tot 1604. Vanuit zee kon de stad steeds bevoorraad worden. Pas na drie jaar werd de stad ingenomen. Volkomen onverwacht viel hij de Achterhoek binnen: de steden Lochem, Oldenzaal, Rijnberk en Groenlo werden door hem veroverd.
Op zee was de Republiek echter oppermachtig geworden. In 1607 overvielen Nederlandse oorlogsschepen de Spaanse haven Cadiz.
Twaalfjarig bestand
Het verloop van de strijd leidde tot vredesbesprekingen in Den Haag na buitenlandse bemiddeling. Spinola zelf kwam hiervoor naar Den Haag. Er kon geen overeenstemming worden bereikt over definitieve vrede, maar wel werd op 9 april 1609 in Antwerpen besloten tot een bestand, dat uiteindelijk twaalf jaar zou duren.
Tijdens dit Twaalfjarig Bestand kwam er een definitief einde aan de eenheid binnen de Republiek. Volgelingen van de geestelijke Jacobus Arminius (de remonstranten) krijgen een conflict met de volgelingen van Franciscus Gomarus (de contra-remonstranten). Behalve een goddienstig meningsverschil (de remonstranten hadden een vrijere interpretatie van de bijbel), speelde er ook een politiek conflict. De remonstranten waren republikeins, de contra-remonstranten voor prins Maurits. Johan van Oldenbarnevelt koos partij voor de remonstranten, prins Maurits voor de contra-remonstranten. Er dreigde even zelfs een burgeroorlog.
Prins Maurits werd tijdens het Twaalfjarig Bestand steeds populairder, en het gezag van de regenten nam af. Dit kwam onder meer doordat steeds meer burgers kapitalen verdienden met de handel terwijl de politiek in handen van regenten was. Op 4 augustus 1617 begon het conflict te escaleren: de Staten van Holland namen de Scherpe Resolutie aan, waarin de steden de vrijheid kregen op te treden tegen de contra-remonstranten. Deze resolutie pakte echter averechts uit: prins Maurits beschuldigde Van Oldenbarnevelt en anderen van verraad en liet hen op 28 augustus 1618 arresteren. Johan van Oldenbarnevelt werd ter dood veroordeeld en op 13 mei 1619 op het Binnenhof in Den Haag onthoofd.
In 1620 overleed Willem Lodewijk, op dat moment stadhouder van Friesland, Groningen en Drente. Hij werd opgevolgd door zijn jongere broer Ernst Casimir.
Hervatting van de strijd
In 1621 overleed Albertus van Oostenrijk. Omdat zijn huwelijk met Isabella kinderloos was gebleven, kwamen de Zuidelijke Nederlanden weer onder Spaans bestuur. Isabella bleef wel landvoogdes, maar kon niet voorkomen dat de strijd tussen de Spaanse troepen en de Republiek weer oplaaide.
Aanvankelijk verliep de hervatting van de strijd niet gunstig voor de republiek. In 1625 veroverde Spinola Breda. Op 23 april van datzelfde jaar overleed prins Maurits. Maurits werd opgevolgd door zijn broer Frederik Hendrik. Vanaf 1626 begon Frederik Hendrik samen met Ernst Casimir met een militaire campagne, waarin hij verschillende successen boekte. Zo werden Oldenzaal (1626) en Groenlo (1627) heroverd. In 1628 veroverde de zeerover Piet Hein in naam van de Republiek de Spaanse Zilvervloot: plotseling was er geld in overvloed.
Een jaar na de overwinning op de Zilvervloot, begon Frederik Hendrik aan het beleg van Den Bosch. In een poging de troepen weg te lokken, probeerden de Spaanse troepen onder leiding van Ernst van Montecuculi Amersfoort en de Veluwe in te nemen. Dit mislukte echter, waarna Den Bosch zich overgaf.
Hierna kwam steeds meer gebied in handen van de Republiek. In 1632 liepen hoge Zuid-Nederlandse edelen over, waana Frederik Hendrik vrijwel probleemloos Roermond en Venlo in kon nemen. Maastricht werd na een belegering ingenomen. Ernst Casimir overleed bij het beleg van Roermond; hij werd opgevolgd door zijn zoon Hendrik Casimir I.
Landvoogdes Isabella probeerde in 1633 op eigen gezag (zonder de koning in Madrid raad te plegen) vrede te sluiten met de Republiek door rechtstreekse onderhandelingen met de Republiek aan te gaan. De onderhandelingen liepen echter op niets uit. Isabella overleed nog datzelfde jaar. Een jaar later, op 4 november 1634 werd Ferdinand van Oostenrijk (Don Ferdinand) de nieuwe landvoogd van de Zuidelijke Nederlanden. Don Ferdinand ging voortvarend te werk en veroverde in 1635 de steden Sierck-les-Bains en Trier. Hierop verklaarde Frankrijk Spanje de oorlog. De Franse troepen versloegen de Spanjaarden in de Slag bij les Avins. Samen met het leger van de Republiek veroverden ze enkele steden in de Zuidelijke Nederlanden, waaronder Tienen, Diest en Aarschot. Op 8 februari 1635 sloten Richelieu en Frederik Hendrik een verdrag om de Waalse Nederlanden bij Frankrijk en de Vlaamse Nederlanden bij de Republiek te voegen. Dit verdrag werd echter niet van kracht omdat Frederik Hendrik zich terug trok uit argwaan. De gezamenlijke troepen van Frankrijk en Nederland misdroegen zich zo, dat de publieke opinie in de sommige van de Zuidelijke Nederlanden zich tegen de Republiek keerde. Het beleg van Leuven mislukte. Opnieuw vonden in 1636 vredesonderhandelingen plaats, maar opnieuw zonder resultaat.
In 1637 werd het leger van Frederik Hendrik verslagen bij Hulst, waarna hij Brede belegerde. Don Ferdinand begint een campagne in Limburg en veroverde op 7 augustus 1637 Venlo en op 4 september Roermond. Ook heroverde hij enkele steden op de Fransen. Hij kon echter niet voorkomen dat Breda werd ingenomen door Frederik Hendrik. Op 20 juni 1638 probeerde een leger onder leiding van Willem van Nassau de stad Antwerpen te veroveren: het leger werd echter door de Spanjaarden verpletterend verslagen.
De Spanjaarden ondernamen vervolgens een tweede poging om met een armada de zeemacht van de Republiek te breken. Deze tweede armada werd echter door Maarten Harpertsz. Tromp verslagen in de Slag bij Duins. In 1640 werd Hulst alsnog veroverd. Hendrik Casimir I sneuvelde echter bij de slag. Hij werd door zijn broer Willem Frederik van Nassau opgevolgd als stadhouder. Ook op een ander front leed Spanje een gevoelige nederlaag: Portugal werd onafhankelijk.
Don Ferdinand werd in 1641 vervangen door Francisco de Melo als landvoogd van de Zuidelijke Nederlanden. In datzelfde jaar nam Frederik Hendrik de plaats Gennep in. Francisco de Melo richtte zich aanvankelijk op de strijd tegen de Franse troepen. In 1642 maakte hij grote delen van de Franse gebiedswinsten ongedaan en hij behaalde grote overwinningen. De Republiek vocht in dat jaar nauwelijks, maar een aanbod tot onderhandelingen over vrede werden door Frederik Hendrik afgewezen. Na zijn aanvankelijke successen tegen de Fransen, werd Francisco de Melo op 16 mei 1643 echter vernietigend verslagen bij Rocroi: voor hem het begin van het einde van zijn loopbaan. Op 20 september 1644 werd hij opgevolgd door Manuel de Castel Rodrigo. Inmiddels hadden de Fransen Grevelingen veroverd op de Spanjaarden en had Frederik Hendrik Sas van Gent veroverd.
Door de opeenvolgende nederlagen en de interne spanningen, nam de kracht van het Spaanse leger snel af. In 1645 veroverden de Fransen enkele steden en wist Frederik Hendrik het Vlaamse Hulst. In 1646 sloeg Frederik Hendrik opnieuw het beleg op rondom Antwerpen: de Franssen konden daardoor enkele steden in het zuiden veroveren, waaronder Duinkerken en Kortrijk. Het beleg van Antwerpen werd de laatste veldslag voor Frederik Hendrik: in 1647 kwam hij te overlijden. Hij werd opgevolgd door stadhouder Willem II. De landvoogd van de zuidelijke Nederlanden werd aartshertog Leopold van Oostenrijk. Vrede van Münster
De Franse inmenging in de oorlog had het tij definitief in het voordeel van de Republiek beslist. Inmiddels was het oorlog in grote delen van Europe, de Dertigjarige Oorlog. In 1641 begonnen vredesonderhandelingen tussen de strijdende partijen in deze oorlog. Afgesproken werd dat in Münster en Osnabrück onderhandeld zou worden. Hoewel de Republiek niet meevocht in de Dertigjarige Oorlog, werd besloten de Republiek toch uit te nodigen bij de vredesonderhandelingen. Door de oorlog tegen Spanje was de Republiek teveel een partij geworden. Via Frankrijk ontving de Republiek een uitnodiging.
Hoewel er rond die tijd enorme militaire successen werden geboekt, was er binnen de Republiek steeds meer sprake van een vredesstemming. De langdurige oorlog zorgde kostte veel geld en mensenlevens. Alleen de provincies Zeeland en Utrecht, en de stad Leiden, bleven tot het einde toe voorstander van de oorlog.
De Republiek slaagde erin als volwaardige staat aan de onderhandelingen mee te mogen doen: zelfs Spanje stemde hiermee in. In januari 1646 kwamen 8 vertegenwoordigers van de Staten aan in Münster om te onderhandelen met de Spanjaarden over vrede. De onderhandelingen zouden plaatsvinden in het Huis van de Kramersgilde, tegenwoordig het Haus der Niederlande genoemd. De Spaanse onderhandelaars hadden uitgebreide volmachten meegekregen van koning Filips IV, die al jaren vrede zocht. Tijdens de onderhandelingen werden de Republiek en Spanje het snel eens: de tekst van het Twaalfjarig bestand werd als uitgangspunt genomen en de Republiek werd door Spanje als soevereine staat erkend. De vrede leek snel nabij. Frankrijk gooide echter roet in het eten door steeds met nieuwe eisen te komen. De Staten besloten hierop buiten Frankrijk om vrede te sluiten met Spanje. Op 30 januari 1648 werd de vredestekst vastgesteld. Deze werd ter ondertekening naar Den Haag en Madrid gestuurd. Op 15 mei werd de vrede definitief getekend.